התקופה ההיסטורית של מצרים החלה בתחילת האלף השלישי והרביעי לפני הולדת ישו. המסורת התרבותית העתיקה, שעברה השפעת פולשים ותהפוכות פנימיות, נמשכה עד לאימוץ הנצרות במאה הרביעית לספירה. במשך כמעט שלושת אלף וחצי שנים, רשימת האלים המצריים ותפקידם עברו שינויים משמעותיים. אלים מצריים רכשו תכונות ושמות האופייניים לשכניהם - אשורים, חיטים, היקסוס, הלנים.
לאחר איחוד מצרים תחת שלטון שליט יחיד, אלים רבים של אזורים ושבטים בודדים של המדינה נכנסו לפנתיאון המשותף, אך רובם נערץ רק בסביבה שבה מקור הפולחן שלהם. כמה אלים קיבלו בהדרגה משמעות מצרית משותפת. האלה באסט, בעלת ראש חתול, צמחה ללא ספק מתוך כת של הערצת חתולים כשומרות על מאגרי תבואה מעכברים. החקלאות מילאה תפקיד עצום במצריםתפקיד, בניגוד, למשל, להלאס, שעלתה בעיקר בשל סחר וכיבושים צבאיים. אלים מצריים אנתרופומורפיים ניחנו לעתים קרובות בראש של חיה, על בסיס הערצתו צמח כת זה או אחר. לדוגמה, לאל תות היה ראש של איביס, לאלה סוכמט (סקמט) היה ראש של אריה, לאנוביס היה ראש של כלב.
כאשר אזורים מסוימים במדינה עלו, חל שינוי של שושלות או "מעבר" של הבירה למקום חדש, התחלפו גם האלים המצריים של "הדרג הראשון". מאפיין מעניין של הדת המצרית העתיקה היה נוכחותם של מספר רב של מיתוסים קוסמוגוניים (כלומר, גרסאות למקור העולם), ובכל יישוב מילא האלוהות המקומית את התפקיד העיקרי בעניין הקשה הזה.
אלים מצריים במספרים כה גדולים, שהפכו לבסיס לבדלנות מקומית, ללא ספק, לא היו נחוצים למדינה אחת. בנוסף, כתות רבות דרשו הוצאה של כמות גדולה של משאבים חומריים, אשר ניתן היה לבזבז עם תועלת גדולה הרבה יותר על הסדר הפנימי של הארץ, על אחזקת הצבא וכו'. ובעל עושר והשפעה גדולים, השבטים הכוהנים איימו ישירות על כוחו הבלעדי של פרעה.
בכל העניין, פרעה אמנחותפ הרביעי, לוקח את שמו של אחנאתן, מציג את פולחן האלוהות האזורית הקטנה אטון (הדיסק הסולארי האלים) כדת מצרית נפוצה. אבל האינרציה של המסורת הייתה חזקה מדי, ואחנאטן מת לפני שהגיע לגיל ארבעים. לפי הגרסה המשכנעת ביותר, הוא היהמוּרעָל. נכון, הרדיפה לא נגעה במשפחה, ואשתו (נפרטיטי המפורסמת) נשארה בחיים שנים רבות לאחר מות בעלה.
לאחר ההשתלטות הפרסית ואחר כך ההלנית על המדינה, האלים והאלות המצריים מתחילים לאבד בהדרגה את השפעתם הקודמת, נופלים לדעיכה. הם מתמזגים עם האלים של הפולשים. לדוגמה, אלכסנדר מוקדון היה נערץ במצרים כבנו של זאוס-אמון, אלוהות מצרית-הלניסטית סינקרטית.
כשהאלים המצריים, ששמותיהם היו מקור מקומי ומעורב, החלו לפנות את מקומם לדת חדשה - הנצרות, השכחה של הכתיבה המצרית הקדומה החלה בהדרגה. בתקופת שלטונו של הקיסר קונסטנטינוס מת הנושא האחרון של המסורת הדתית המצרית, ולאחר מכן במשך מאות שנים היו שמות האלים המצריים הקדמונים ידועים רק מכתביהם של היסטוריונים יווניים ורומיים. אבל שניהם הכירו את התרבות המצרית בתקופה שבה היא כבר דעכה, ואין זה סביר שהכוהנים יזמו זרים (לעיתים תוקפניים) לתוך סודות דתם.
ניסיונות לפענח את ההירוגליפים העתיקים נעשו שוב ושוב על ידי מדענים ערבים ואירופים כאחד, אך ללא הועיל. ורק בתחילת המאה התשע-עשרה הצליח הבלשן המבריק פרנסואה שמפוליון למצוא את המפתח לפענוח הטקסטים המצריים. מאותו רגע, החל העידן המודרני של חקר ההיסטוריה והתרבות של מצרים העתיקה.
